可降解TCE的甲烷氧化菌16S rDNA与pmoCAB基因簇序列分析

【摘要】：甲烷氧化菌可高效催化甲烷和多种氯代烃降解,开展甲烷单加氧酶的基因簇序列分析研究有助于深入了解催化机理,并提升其在污染物生物降解领域中的应用价值。以甲烷为唯一碳源富集分离甲烷氧化菌,取5种氯代烃作为共代谢基质考察其降解情况,利用MEGE5.05软件构建基于16S r DNA的系统发育树对所选菌株进行初步鉴定,用半巢式PCR法分段扩增菌株的颗粒性甲烷单加氧酶(p MMO)基因簇并进行T-A克隆测序,通过Ex PASy计算p MMO三个亚基的理论分子量。筛选到了一株甲基孢囊菌Methylocystis sp.JTC3,在三氯乙烯(TCE)初始浓度为15.64μmol/L条件下,反应5 d后降解率可达93.79%。经扩增、测序、拼接得到了3 227 bp的pmo CAB基因簇序列,包括771 bp的pmo C基因、759 bp的pmo A基因、1 260 bp的pmo B基因和2个非编码中间序列,所对应γ、β、α亚基理论分子量分别为29.1 k Da、28.6 k Da和45.6 k Da。通过Blast比对发现Methylocystis sp.JTC3的pmo CAB基因簇序列与Methylocystis sp.strain M的pmo CAB一致性较高,其中pmo A的序列相对保守。JTC3菌株可高效降解TCE,对pmo CAB基因簇序列的详细分析可为p MMO活性中心特征、氯代烃类底物选择性等方面的深入研究提供信息数据基础。 【作者单位】： 重庆理工大学药学与生物工程学院;重庆理工大学化学化工学院;
【关键词】： 甲烷氧化菌 三氯乙烯 pmoCAB基因簇 S rDNA 系统发育树
【基金】：国家自然科学基金(No.51378522) 重庆市基础与前沿研究项目(No.cstc2013jcyjA20009)资助~~
【分类号】：X172
【正文快照】： Received:May 20,2014;Accepted:August 14,2014Supported by:National Natural Science Foundation of China(No.51378522),Fundamental and Advanced Research Projects ofChongqing(No.cstc2013jcyj A20009).Corresponding author:Tiantao Zhao.Tel/Fax:+86-23-62563221;E-

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