材料一、实施沼气工程，是我国政府为改善农村环境和发展农村经济大力推广的一种生态工程．材料二、地衣中

【专家解说】：材料一、实施沼气工程，主要依据的生态学原理是物质循环再生原理，即①；
材料二、地衣中的真菌和蓝藻互利共生，当把它们分开时，两者都不能正常生长，即“1+1＞2”，主要依据的生态学原理是系统整体性原理，即④．
材料三、居住在林区的农民，“靠山吃山”是他们生活的根本．当进行林业工程建设时，一方面号召农民种树，另一方面考虑林区农民的生活问题，使改善生态和发展经济结合起来，才能真正做到造林护林．说明生态系统建设要考虑自然、经济、社会的整体影响，所依据的是整体性原理，即⑤．
故选：A．