怎么在chembio3d软件上正确设计分子构型

热心网友：方法/步骤 ChemBioDraw给结构原子分配属性的具体操作步骤如下： 用【选择】工具单击一个原子，或Shift + 单击选择多个原子。从“结构”菜单中，选择“Atom Properties”或按快捷键“/”，此时出现Atom Properties对话框。从下拉列表中选择要分配。

热心网友：1、mm2分子力学优构型优化方法使用chem 3d软件mm2分子力学优化构型的操作步骤是绘制出化学结构之后，依次选择calculations/mm2/minimize energy（最小化化学能）命令，如下图所示：mm2分子力学优构型优化方法接着会弹出minimize energy对话框，“display every nth iter用于显示每轮迭代信息”、“copy measurements to output bo用于控制输出每轮结构参数”、“minimum rms是构型收敛标准”。另外注意一下，mm2分子力学方法计算量小，适合于大体系有机分子的构型优化。2、gamess量子化学软件包构型优化方法gamess量子化学软件包进行构型优化的原理是chem 3d根据初始分子模型计算能量和梯度，然后决定写一部结构调整的方向的步长，根据各原子受力情况和位移大小判断是否收敛，若没有则继续重复上面的过程直到力和位移的变化均达到收敛标准。在chem 3d软件中的操作方法是：绘制出分子结构之后，依次点击calculations/gamess interface/minimize，随后会弹出如下图所示的gamess对话框。gamess量子化学软件包构型优化方法对话框job&thery选项卡的method选项可以更改计算方法，basis set是基组类型，wave function是波函数类型，通过polarization、diffuse和exponent可以添加或弥散基函数，opt.algorithm用于修改构型优化方法，最后的两个选项spin multiplicity和net charge指的是体系电荷和自选多重度。在advanced-1选项卡中，绘制者可以更改自洽场迭代参数控制、溶剂效应及其模型、mo初始猜测类型、点群及其主轴。gamess interface所计算性质包括：偶极矩、电子密度、静电势、动能、lowdin电荷和布居数、mulliken电荷和布居数、势能和总能量。