基于复杂网络理论的产甲烷常温菌和嗜热菌的代谢网络的拓扑与模块化的研究

【摘要】：近几年,复杂网络的研究正成为广泛关注的热点,代谢网络是复杂网络的一个例子。本文以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(M.acetivorans)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(M.kandleri)的代谢网络为对象,从拓扑参数以及模块化两方面进行比较研究。结果表明:M.acetivorans与M.kandleri的代谢网络均具有较高的模块化结构。同时发现它们模块化后的代谢网络中的Hub模块均属于氨基酸代谢和碳水化合物代谢,表明这些网络模块均具有一定的功能意义。最后将Hub模块与最紧密的k-核心网络相比较,发现它们节点完全相同,此结果表明代谢网络的最紧密k-核心网络部分也是不同网络比较的重要因素。 【作者单位】： 江南大学物联网工程学院;工业生物技术教育部重点实验室;
【关键词】： 代谢网络 网络拓扑 网络功能 模块性
【基金】：国家自然科学基金资助项目(21001053) 中央高校基本科研业务费专项资金资助(JUSRP11126)
【分类号】：Q811.4
【正文快照】： 1引言随着大规模分子相互作用数据的不断涌现,越来越多的生化网络受到关注。作为目前众多生化网络中研究最为广泛的一种,代谢网络受到众多研究者们的关注。代谢网络是生物体真实代谢系统的抽象,由代谢物和催化这些代谢物发生转化的酶所组成的。自2000年Jeong等[1]在Nature上

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