利用16S rRNA基因克隆文库技术分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌的多样性

【摘要】：选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0%,与已知细菌16S rRNA序列的相似性为90%~97%;系统发育树分析表明,SGMT簇序列和RO簇序列所占总序列的比例分别为75.8%、1.0%,部分序列与Methanobrevibacter中任何已知相似序列都相隔较远,它们可能代表Methanobrevibacter中新的种。以上结果表明,德昌水牛瘤胃产甲烷菌以Methanobrevibacter产甲烷菌为优势菌群,其中有许多未培养的产甲烷菌需进一步分离培养,并对其功能进行分析。 【作者单位】： 中国农业科学院广西水牛研究所;农业部(广西)水牛遗传繁育重点实验室;
【关键词】： 德昌水牛 瘤胃 产甲烷菌 S rRNA 多样性
【基金】：广西自然科学基金青年基金项目(2012GXNSFBA053070) 广西水产畜牧兽医局科技计划项目(桂渔牧科1304516) 广西特聘专家岗位专项(2014GXTPZJ018) 农业部“948”项目(2011–G26)
【分类号】：S823
【正文快照】： 德昌水牛是中国地方水牛优良品种之一,属于沼泽型水牛,其体格较大,体质结实,生长发育快,适应性广,役力强,主要分布于海拔为480~2 520 m的四川省凉山彝族自治州安宁河流域的德昌、西昌、冕宁、会理等县和渡口市的米易县[1]。深入研究德昌水牛的消化生理以及营养特性有助于地方

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